La Pastoral San Francisco Javier es el departamento responsable de promover, en un contexto de diálogo y apertura a la diversidad, la Ignacianidad en la institución. Esto es, promover la acción evangelizadora de la educación, presentando a Cristo como modelo de persona. Así, promovemos espacios de convivencia, formación, escucha, diálogo, trabajo en equipo, discernimiento y oración, poniendo todos los medios para que cada uno de los miembros de la comunidad educativa pueda tener una experiencia de encuentro personal con Jesucristo, que los lleve en todo a amar y servir. La Pastoral está compuesta por una gran variedad de grupos y comunidades pastorales que se enfocan en la realización de actividades que promuevan la participación de cada uno de los miembros.